奥州藤原氏が東北地方一帯を統治した、嘉応から文治年間に至る12世紀の後期〈平安末期）、時の鎮守府将軍藤原秀衡の一族、藤原肥後が当地方支配のため藤原岱に居城したが、その折守護神として「十二天神社」が創建されたものと古くから伝えられてきました。

　爾来、十二所は戦国の世を経て幕末に至るまで浅利、秋田、佐竹各氏の支配を受けるところとなりましたが、「十二天神社」は、その時々の支配者の家臣により内町（武家方）鎮守として祭祀されてきました。

　一方、天正年中（1573〜91）源内沢にあったと伝えられる「伊勢神社」は外町（町方）鎮守として祀られてきましたが、元和元年（1615）十二所代官として任ぜられた佐竹氏家臣塩谷伯耆守（しおのやほうきのかみ）が翌2年十二所城を移築し、同時に侍屋敷の移住を行った事により、上町下川端に遷宮されました。

　その後、延宝7年（1679）3月22日の十二所大火により社殿類焼し、全町の屋敷割直しに伴って十二天社東方の並山に遷されましたが、更に寛政6年（1794）に至り下新町の西方山麓の大森岱に遷宮、明治43年（1910）まで鎮座されました。

　明治維新後俸禄を失った多くの旧藩士は、生活の糧を求めて他出が相次ぎ「十二天神社」の維持運営が次第に困難となり明治43年大森岱に鎮座せる「伊勢神社」及び十二所地域の20社を「十二天社」に合祀し、神饌幣帛料供進神社の指定を受け「村社神明社」と改稱されました。

　第二次世界大戦を経て昭和21年10月に「宗教法人　十二所神明社」として発足し今日に至っております。