その後日吉神社の南隣りに移したが、延享3年東照宮寿量院造営のため、現在地に遷座し菅原神社と改称した。
明治4年焼失したので、廃寺となった寿量院の向拝を移築し、現在の拝殿となって今日に至っている。
祭神に因み筆塚、恩師の頌徳碑が境内に多い。