社伝によれば、万治己亥2年に中通四ヶ村一同にて、大己貴命を祭神とする神社を建立したとされる。

　別伝によれば、阿倍貞任の一門の本宮徳次郎が、薬師堂を建立したのが、創祀といわれる。

　本宮神社の社名は、明治以降のものである。

　慶長3年の創建という伝えもある。

　明治40年9月、字倉沢稲倉神社、字風張愛宕神社、字宮野平八幡神社を合併する。

　大正4年1月、大湯町大湯神明社に合併される。

　昭和27年9月、神明社より分祀し創立す。