やがてその中の飛根集落に人が多く住むようになったので、地区全体を飛根と呼ぶようになったという。

　その時、誰ともなくこの里を守護する鎮守の神の必要を唱えるようになり、古老たちが協議した結果、当時の神官（別当）が祀っている氏神をご祭神とした。

　これが神社の始まりであるといわれている。

　明治6年村社となり、同43年各地区の神社7社を合祀する。

　昭和5年神饌幣帛料供進神社に指定され、同32年には県神社庁模範神社に指定される。

　現在の社殿は昭和3年に改築したものである。

　同5年の屋根葺替えでは拝殿の棟札が発見され、「安政四年　別当大蔵院凰全智孝代」と書かれていることから、1856年に改築されていることがわかった。

　例祭には、県指定民俗文化財の「羽立大神楽」「報徳番楽」が奉納され、御神輿と共に町を練り歩く様は盛大である。