伝説によると源親は豊年の踊りを伝え、それが戦国領主小野寺一族慰霊の亡者踊りと合流して有名な国指定重要無形民俗文化財「西馬音内盆踊り」に指定された。

　貞和2年に境内に「光明真言講碑」建立の後は荒廃した。

　時代は下って、京都亀山出身の横手御嶽山別当、仙北・由利二郡の修験先達の沼沢兵部という人が、小野寺一族内紛により天文15年、御嶽山を勧請して再興した。

　江戸時代には佐竹藩より修験者の兜巾頭の一人に任ぜられ、雄平仙三郡の88ケ村、170社、71人の別当を治めたという。

　藩史等の記録によると有髪帯刀、旦那と呼ばれるという不思議な有様だったという。

　明治維新後は復飾し、社名を明学院より御嶽神社に改めて現在に至っている。

　尚例祭では宮司のことを「御院代」と称するが、これは多々あるうちの修験時代の名残りと考えられる。

　また当地は江戸時代、物資の集積場として決められた日に市が開かれたが、その市神は全国でも例を見ない聖徳太子立像である。

　古くは別の地に祀られていたが市神信仰の衰退と共に現在では当社に祀られている。