伝えるところによると、坂上田村麻呂将軍が大滝丸を攻めた時、岩谷山の洞窟に逃げ隠れるので、ここに薬師如来を祀り祈願した処という。

　以来水上ノ薬師さんとして、戦前戦中は県内外から多くの参拝者があった。

　羽陰温故誌に『岩谷山は三内村に属す。高さ百八十丈許、周囲二里許山脉は東方筑紫森に連なり樹木繁茂し、登路一条同村字丸舞口より右折して上ること十八丁許、萱場に至る。巨厳あり高さ四丈許周囲三十間余広さ四間余洞穴あり。頂上には岩谷山神社あり。大名持少名彦命を祀る。三内村の旧鎮守なり。旧時は岩谷山薬師と称す。麓より絶頂に至る十四丁三十四間山谿の間に在りて修験を始め参籠の者此洞中に通夜する也、祭典四月七、八日路嶮なる故婦人は不登至景の霊場也』と。

　社殿は昭和の初め焼失したが、明治3年丙戌の棟札に『薬師別当三明院快観願主佐藤右衛門、肝煎庄左衛門郷入多郎兵衛』とある。