よって薬師堂村ととなえるに至ったと伝えられる。

　元禄2己巳年8月8日、六郷伊賀守藤原政晴公、社殿を改築せらる。

　享和2壬戌年8月新山権現を合併す。

　文政7甲申年8月8日再建築をした。

　明治2年10月神仏分離規則により医薬神社と改称し、明治12年10月1日村社に列格せらる。

　明治26癸巳年4月7日、本殿、幣殿、拝殿、新増築し、同日峯薬師中山神社を合祀す。

　昭和12年11月社殿改築する。

　同13年3月本殿幣殿拝殿及び神饌所新増改築した。