その後、天長7年の大地震の為、川の流れが大きく変わり、新屋南方およそ五町の地、字田中屋敷に移転。

　更に永治元年（1141年）現在の地に遷座したという。

　古くより坂本（近江国坂本）の日吉大社の別社とも称し、代々領主の尊崇篤く、世々社殿の新改築に多額な社領の寄進を受けている。

　平安末期この地方を所領していた橘公業と、後、源頼朝に従った由利維平が、当社を篤く敬い、七千刈の社領寄進を受けたという。

　橘氏に代わってこの地を所領した、赤尾津氏からも同様の扱いを受けたが、後、最上氏によって一時社領を没収される。

　しかし小野筑後守金助の陳情によって最上氏より社領二千刈、続いて本多上野介よりも二千刈、また佐竹氏からも崇敬を受ける。

　明治に入り、明治5年郷社、次いで12年県社に列せられる。

　明治28年火災によって本、拝殿を焼失した。

　大正6年、本殿を新築、昭和15年幣殿を改築した。