当社は初代秋田藩主佐竹義宣公が慶長7年、常州より羽州六郡遷封以前は、真言宗の蓮乘寺であったと言われる。

　東家5代、佐竹義賢公が仙北金沢から秋田に移住した。

　東家は佐竹五家（東、南、北、壱岐守、小場の各家）の内『ご床机代り』（副藩主の意）と呼ばれた五家筆頭の高貴な家柄で、東根小屋に移住された。

　下屋敷として、町内を二分し、下丁は「お東町」上丁は「お北町」と称し、東家の下丁、北家（角館城代）の下屋敷は上丁で、仙北金沢から連行の東家家臣と北家の角館藩士が居住していた。

　明治に入って寺社統合により、蓮乘寺は同16年、東家、（下町）北家（上丁）の旧家臣が相諮り、少彦名神社として改装、秋田移住の5代義賢公の父4代義久公を武神として合祀した。

　大正時代に入って「お東町」「お北町」は「お東町」1本の名称に変り、神社もお東さんと称され、昭和31年「東館神社」と名称を変更した。

　旧社殿は大正14年改築、老朽破損著しく、昭和14年、社殿全面改築し、現在に至る。