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白鳳8年創立。
創立当時は薬師堂と称号。
年次不詳、少彦名神社と改称。
明治43年、村社に列した。
明治45年、薬師神社と改称。
本神社は明永山遍照院尊崇の神体として、天正中、出羽国、小野寺家金沢金乗坊、横手佐渡守と合戦の時、明永山を始め、三十六坊兵火に罹り、薬師の神体を坊僧某取去り塚堀の内大清水のある所に遷し祀り、当時、平鹿郡横手城外明永山般若寺遍照院と言い伝えられている。