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社伝によれば、延暦年間坂上田村麻呂が諏訪大神を奉じて東征の際、国家鎮護の祈りをこめて創建したという。
建久年間には二階堂氏が出羽国六郷の地頭職を得て当地を管領し、建久3年には大規模の造営工事が施された記録がある。
至徳年中二階堂氏は当地に下向し城を築くに及んで大きな集落を形成するに至り、当社を近隣20数ヶ村の総鎮守と定め、社殿を修復し社領を付した。
この至徳年中に社家齋藤氏（当初は諏訪氏後に改姓）の祖（信州守護職諏訪氏三男）も当地に下向した。
二階堂氏はやがて六郷氏と改姓し、兵庫頭政乗の代に常陸国に、つづいて出羽国本荘に遷封されたが、当社への崇敬篤く、毎年4月8日には代参を遣わし当社神符を城中に祀るを例とした。
慶長7年佐竹義重が六郷城に閑居、六郷氏同様社殿を改築、社領を付し崇敬の篤きを示した。
以後総鎮守として江戸期を通じ藩南部の中心地として発展した六郷町と共に栄え、明治14年明治天皇東北御巡幸の際には社家宅地に御小休所が造営された。
明治41年神饌幣帛料供進指定、昭和28年神社本庁別表神社。
2月15日の「かまくら竹打ち」の神事は無形民俗文化財に指定され、神苑の清水は全国名水100選の中の「六郷湧水群」の一つである。